Cet article vise à discuter des critères de scientificité des méthodes dans les approches qualitatives et transformatives, notamment en clinique de l’activité (Clot, 1999). Le focus est porté sur la phase du traitement des données. En prenant appui sur une recherche récente portant sur l’analyse d’activité d’enseignants de collège confrontés dans leurs classes au risque de décrochage scolaire, le but est de pointer les problèmes d’interprétation qui émergent et les façons de les prendre en compte. L’outil de traitement proposé consiste à recenser précisément dans les transcriptions d’entretien les marques et les indicateurs qui révèlent le développement des acteurs ainsi que leur étayage théorique. Il combine la totalité des éléments méthodologiques mis au jour par les chercheurs en clinique de l’activité depuis 15 ans. Leur fiabilité est établie par la précision de leur définition et par une procédure de double codage (deux chercheurs travaillant indépendamment sur des extraits de données). Sont discutées en fin d’article les limites et nouvelles interrogations émergeant de cet outil méthodologique.